Да, иногда нужно перекодировать из flac в mp3, и сделать это не по одному треку, а все сразу. Для этого в linux придумали консоль и консольные утилиты. Работает все просто, для начала установим нужные пакеты
sudo apt-get install flac sudo apt-get install lame
Потом, собственно, запустим перекодирование:
for f in *.flac; do flac -cd "$f" | lame -b 320 - "${f%.*}".mp3; done
Естественно, мы должны находиться в нужной папке.
Кстати, чтобы пергнать из wav в mp3, все работает примерно так же:
for f in *.wav; do lame -b 256 "$f" "${f%.wav}.mp3"; done